Koulurakennuksen purkamisesta aiheutuu pölyhaittoja. Betoni pölyää purettaessa ja lastattaessa, joten pölyä sidotaan vedellä. Purkukoneissa on vesiruiskut, jotka ruiskuttavat vettä kohteeseen tarvittaessa. Puretun betonin kuljetus pois purkualueelta tehdään kesä-elokuussa. Työmaalle on oma erillinen liittymä Varusmestarintieltä.
Päätös koulun purkamisesta tehtiin keväällä 2023. Vuosina 2019–20 tehdyt kuntoarviot ja kosteus- ja sisäilmatekniset kuntotutkimukset osoittivat, että vuonna 1994 valmistunut rakennus oli luultua huonommassa kunnossa. Tutkimuksissa selvisi, että rakennuksen korjaaminen ei ollut vaihtoehto. Koulurakennuksen pohjan kuivatusjärjestelmä on ollut puutteellinen ja alapohjarakenteissa on ollut kosteuden aiheuttamia vaurioita laajoilla alueilla.
Tilalle uudisrakennus
Turun Lyseon koulu toimii tällä hetkellä koulun urheilukentälle sijoitetuissa tilaelementtirakennuksissa. Niihin siirryttiin syksyllä 2020.
Purettavan koulun tilalle on suunniteltu uudisrakennusta. Koulu on alun perin rakennettu yläkouluksi ja lukioksi. Rakennuksessa ehti muutaman vuoden ajan ennen sulkemista toimia yhtenäinen peruskoulu, eivätkä tilat kaikilta osin enää vastanneet koulun tarpeita.
Uuden koulun myötä tilojen toimivuus pystytään takaamaan paremmin. Päätöstä investointimäärärahasta odotetaan vuoden 2024 aikana. Uusi koulurakennus voisi olla käytössä aikaisintaan 2027.
Uudisrakennukseen ollaan sijoittamassa Lyseon koulu, Runosmäen esiopetus ja aamupäivä- ja iltapäiväkerhot sekä ja Mikaelin Lyseon yksikkö.